A Escola Maria Esméria trabalha teoria e prática sóciointeracionista, através de planos de trabalho, onde os métodos aplicados são voltados para que o aluno construa seu próprio conhecimento, através de atividades individuais e grupais.
É trabalhada a interdisciplinariedade para maior e melhor compreensão dos diversos conteúdos e apreensão de conceitos pelo educando. São também realizadas atividades juntamente com os pais, objetivando a participação ativa dentro e fora da escola.
Sua fundamentação teórica está baseada nos estudos principalmente de: 1. Piaget e suas fases do desenvolvimento; 2. Vygotsky e os níveis de desenvolvimento; 3. David Ausubel e sua TAS/Teoria da aprendizagem significativa; e 4. Wallon, que enfatizou a importância da afetividade na aprendizagem.
O material didático do Ensino Fundamental é o apostilado da equipe Positivo, e da Educação Infantil são livros analisados e escolhidos entre os que sintonizam com a filosofia e metodologia geral da Escola.